Poslaním fakulty je príprava odborníkov so širokým rozsahom vedomostí v oblasti ekológie a vied o životnom prostredí pre potreby štátnej správy a miestnej samosprávy, odborných organizáciách ochrany prírody a krajiny ako aj životného prostredia v riadení Ministerstva životného prostredia SR, oddelenia životného prostredia výrobných podnikov a výskumu, ale aj mimovládne environmentálne organizácie a poradenstvo v oblastiach - odpadové hospodárstvo, odpadové plyny, odpadové vody, environmentálny monitoring, environmentálna kvalita výrobkov a technológií. Fakulta ako vedeckovýskumné pracovisko je zameraná na základný výskum predovšetkým v oblasti ekológie krajiny, lesných, poľnohospodárskych a urbanistických ekosystémov, všeobecnej ekológie, na aplikovaný výskum v oblasti dôsledkov výrobných technológií na životné prostredie a ekologickú kvalitu materiálov.
Vedecko-výskumná práca katedier fakulty je zameraná na štyri oblasti:
- Základný výskum bioty (štúdium biodiverzity, vzťahy medzi biotou a prostredím, biomonitoring stavu prostredia)
- Základný výskum krajiny a jej zložiek (ekologické princípy tvorby, využívania a ochrany prírody a krajiny)
- Analýza a skúmanie zmien kvality životného prostredia človeka (monitorovanie faktorov životného prostredia, ekologizácia technologických procesov a výrob, starostlivosť o obnoviteľné prírodné zdroje, hospodárenie s odpadmi)
- Filozofické a sociálne aspekty vzťahov človeka, prírody a spoločnosti